住房公積金是指國家機關、國有企業、城鎮集體企業、外商投資企業、城鎮私營企業及其他城鎮企業、事業單位及其在職職工繳存的長期住房儲金。商業房貸是指通過簽訂抵押合同，從銀行申請貸款來支付所購房產的貸款。兩者目前是購房最主要的貸款方式，然而兩者之間還是有著不小的差異的。
1.從貸款審批和發放機構來看：公積金貸款審批決定權是公積金管理中心，放款的也是公積金管理中心；而商業性貸款審批與放款都是你所進行房貸的各類銀行。
2.從利率角度看：公積金貸款利率比商業性貸款利率低，更優惠。目前公積金貸款５年期以上年利率是３.８７%，相比于５年期的商業性貸款基準利率５.９４%，優勢明顯。即使銀行提出了打折的計劃，也還沒有公積金的低。
3.從貸款資質審批過程和時間看：如果申請公積金貸款，那么通過了銀行的審批后還需要遞交給公積金管理中心審批，審批通過后再向公積金管理中心申請放款，這些環節銀行和公積金管理中心要打不少交道，而銀行商業貸款只需要通過銀行審批即可，因此從上述過程可以看出公積金貸款審批相對于銀行貸款審批過程更為復雜，所需的時間更長，并且需要提供的資質證明更多，審批更嚴格。
4.從還款方式看：公積金貸款只能選擇２種還款方式：等額本息與等額本金還款法；商業性貸款可以根據銀行的房貸產品組合多種還款方式，因此商業貸款還款更人性化，更靈活。
5.從辦理機構看：公積金貸款渠道相對較窄，目前能辦理公積金貸款的銀行只有５家，工農中建交，基本都是大型國有商業銀行；商業貸款幾乎各大銀行都可以，不僅國有商業銀行，地方性銀行，股份制銀行，外資銀行都可以辦理，只要你的條件具備就可以申請。
公積金房貸和商業房貸各有各的優勢，因此購房者需要根據自己的情況來選擇合適自己的貸款方式，比如很多人就選擇第一套房貸使用商業貸款，第二套房就使用公積金貸款，這樣就規避了辦理二套房貸時需要支付的高利率（公積金貸款沒有二套房和一套房之分，利率都是一樣的）。合理的選擇，將會節省不少的經濟支出，減輕房貸壓力。
